Uscito per il Game Boy Color, Pokémon Puzzle Challenge non è altro che una nuova versione del ormai celebre Tetris: basta infatti allineare i mattoncini per farli sparire e impredire quindi che lo schermo si riempia.

| MODALITA' SINGOLA Nella modalità singola ci troveremo di fronte a 6 diversi tipi di giochi: Maratona, Sfida, Time Zone, Line Clear, Puzzle e Pulisci. |
| MARATONA Nella modalità maratona dovrete eliminare più mattonci possibili con catene più velocemente che potete. Raggiunti dati punteggi il livello di difficoltà aumenterà notevolmente. |
| SFIDA Nella modalità sfida dovrete viaggiare nel continente di Johto per affrontare gli otto capipalestra e vari allenatori per ottenere nuovi Pokémon e diventare dei campioni. |
| TIME ZONE Nella Time Zone dovrete utilizzare uno dei Pokémon sbloccati nella modalità sfida e fare più punti possibili in un determinato lasso di tempo. |
| LINE CLEAR In questa modalità dovrete eliminare tutti i blocchi che sono sono sopra una determinata linea e sconfiggere cosi tutti i capipalestra per soddisfare i requesiti di ogni schema. |
| PUZZLE In questa modalità dovrete risolvere i vari puzzle che vi vengono proposti, inizierete con dei rompicapi semplici fino ad arrivare a quelli praticamente impensabili. Se completerete tutti i rompicapi (composti ciascuno da 10 livelli, ma dovrete superarne almeno 8 in ogni rimpicapo per procedere a quello successivo) potrete sbloccare una nuova parte dell'immmagine bonus e un nuovo aiuto per affronatare i successivi puzzle. |
| PULISCI La modalità è simile alla maratona solo che i mattoncini scenderanno dall'alto come nelle battaglie vere e proprie e la difficoltà aumenterà notevolmente raggiungendo dati punteggi. |
